• algorithm_auto : convert_main.cpp
• algorithm_gbwtgraph : convert_main.cpp
• algorithm_vg : convert_main.cpp
• DEL : dozeu_interface.cpp , qual_adj_xdrop_aligner.cpp , xdrop_aligner.cpp
• input_gaf : convert_main.cpp
• input_gam : convert_main.cpp
• input_gbwtgraph : convert_main.cpp
• input_gfa : convert_main.cpp
• input_handlegraph : convert_main.cpp
• INS : dozeu_interface.cpp , qual_adj_xdrop_aligner.cpp , xdrop_aligner.cpp
• MATCH : dozeu_interface.cpp , qual_adj_xdrop_aligner.cpp , xdrop_aligner.cpp
• MISMATCH : dozeu_interface.cpp , qual_adj_xdrop_aligner.cpp , xdrop_aligner.cpp
• mode_prune : prune_main.cpp
• mode_restore : prune_main.cpp
• mode_unfold : prune_main.cpp