Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- c -

• cactus_to_vg() : vg
• cactusify() : vg
• candidates() : haplotypes_defaults
• canonical_huffman() : vg
• canonical_orientation() : vg
• Chain : vg
• chain_begin() : vg
• chain_begin_from() : vg
• chain_end() : vg
• chain_end_from() : vg
• chain_items_dp() : vg::algorithms
• chain_items_traceback() : vg::algorithms
• chain_rbegin() : vg
• chain_rcbegin() : vg
• chain_rcend() : vg
• chain_rend() : vg
• check_quality_length() : vg
• choose_good_thread_count() : vg
• choose_ln() : vg
• chop() : handlegraph::algorithms
• cigar_against_path() : vg
• cigar_mapping() : vg
• cigar_string() : vg
• classify_kmers() : vg
• clear_alignment() : vg
• clear_annotation() : vg
• clear_crash_context() : vg
• clip_contained_low_depth_nodes_and_edges() : vg
• clip_contained_snarls() : vg
• clip_contained_stubs() : vg
• clip_deletion_edges() : vg
• clip_low_depth_nodes_and_edges() : vg
• clip_low_depth_nodes_and_edges_generic() : vg
• clip_stubs() : vg
• clip_stubs_generic() : vg
• cluster_cover() : vg
• cluster_coverage() : vg
• cluster_nodes() : vg
• cluster_subgraph_containing() : vg
• cluster_subgraph_walk() : vg
• cluster_traversals() : vg
• clusters_overlap_in_graph() : vg
• clusters_overlap_in_read() : vg
• clusters_overlap_length() : vg
• combine_handles() : handlegraph::algorithms
• combine_hashes() : std
• CommandCategory : vg::subcommand
• component_paths() : vg::algorithms
• component_paths_parallel() : vg::algorithms
• component_sizes() : vg::algorithms
• compose_short_path_name() : vg
• CompressString() : zstdutil
• compute_min_cut() : vg::algorithms
• compute_template_lengths() : vg
• concat_mappings() : vg
• concat_nodes() : handlegraph::algorithms
• concat_paths() : vg
• connected_components() : vg
• connected_comps_do() : vg
• construct_graph_from_nodes_and_edges() : vg
• contains_connection() : vg
• contains_match() : vg
• convert() : vg
• convert_alignment_char() : vg
• convert_multipath_alignment_char() : vg
• convert_Ts_to_Us() : vg
• convert_Us_to_Ts() : vg
• copy_file() : vg
• copy_handle_graph() : handlegraph::algorithms
• copy_metadata() : vg
• copy_path() : handlegraph::algorithms
• copy_path_handle_graph() : handlegraph::algorithms
• copy_reference_samples() : vg
• corresponding_from_length() : vg
• corresponding_length_internal() : vg
• corresponding_to_length() : vg
• count_covered() : vg::algorithms
• count_walks() : handlegraph::algorithms
• count_walks_through_nodes() : handlegraph::algorithms
• coverage() : haplotypes_defaults
• crash_unless_failed() : vg
• create() : vg::temp_file , xg::temp_file
• create_alignment_metadata() : vg
• create_directory() : vg::temp_file
• create_ref_allele() : vg
• cut_edit_at_from() : vg::io
• cut_edit_at_to() : vg::io
• cut_mapping() : vg
• cut_mapping_offset() : vg
• cut_path() : vg