- s -

• sam_flag() : vg
• sample_gam_depth() : vg::algorithms
• sample_mapping_depth() : vg::algorithms
• sample_minimal() : vg::algorithms
• save_gbwt() : vg
• save_gbwtgraph() : vg
• save_gbz() : vg
• save_gcsa() : vg
• save_handle_graph() : vg::io
• save_lcp() : vg
• save_minimizer() : vg
• save_r_index() : vg
• score_best_chain() : vg::algorithms
• score_chain_gap() : vg::algorithms
• score_gap() : vg
• search_multipath_alignment() : vg
• select_diploid() : vg
• select_haplotypes() : vg
• set_annotation() : vg
• set_compressed_annotation() : vg
• set_crash_context() : vg
• set_dir() : vg::temp_file , xg::temp_file
• set_intersection() : vg
• set_score() : vg
• set_system_dir() : vg::temp_file
• sha1head() : vg
• sha1sum() : vg
• shortest_cycle_length() : vg::algorithms
• shortest_cycle_length_internal() : vg::algorithms
• signature() : vg
• simple_components() : handlegraph::algorithms
• simple_offsets_in_paths() : vg::algorithms
• simplify() : vg
• simplify_cigar() : vg
• simplify_filtered_edits() : vg
• simplify_graph_using_traversals() : vg
• simplify_siblings() : vg::algorithms
• single_stranded_orientation() : handlegraph::algorithms
• slope() : vg
• softclip_end() : vg
• softclip_start() : vg
• softclip_trim() : vg
• sort_anchor_indexes() : vg::algorithms
• sort_by_id() : vg
• sort_by_id_dedup_and_clean() : vg
• sort_edges_by_id() : vg
• sort_gaf() : vg
• sort_gaf_lines() : vg
• sort_nodes_by_id() : vg
• sort_pair_by_second() : vg
• sort_path_offsets() : vg::algorithms
• sort_permutation() : vg
• sort_shuffling_ties() : vg
• sort_transcript_paths_by_name() : vg
• sorted_id_ranges() : vg::algorithms
• split_delims() : vg
• split_ext() : vg
• split_splice_segment() : vg
• split_strands() : handlegraph::algorithms
• stack_permutations() : vg
• stacktrace_manually() : vg
• start_backward() : vg
• starts_with() : vg
• stdev() : vg
• StreamCompressString() : zstdutil
• StreamDecompressString() : zstdutil
• string_quality_char_to_short() : vg::io
• string_quality_short_to_char() : vg::io
• string_to_int() : gafkluge
• strip_from_end() : vg
• strip_from_start() : vg
• strongly_connected_components() : handlegraph::algorithms
• stubbify_ref_paths() : vg
• sub_overlaps_of_first_aln() : vg
• subchain_length() : haplotypes_defaults
• subgraph_containing_path_snarls() : vg
• subgraph_in_distance_range() : vg
• subgraph_in_distance_range_walk_across_chain() : vg
• subgraph_in_distance_range_walk_graph() : vg
• subpath_topological_order() : vg
• subtract_log() : vg
• sum() : vg
• summary_statistics() : vg
• support_max() : vg
• support_min() : vg