- a -

• anno_type_t : vg::multipath_alignment_t

- b -

• build_mode : GBWTConfig

- c -

• code_type_t : vg::ZipCode

- e -

• Edit : vg::WFAAlignment
• endpoint_t : handlegraph::SnarlDecomposition

- f -

• FilterName : vg::Counts

- g -

• graph_type : GraphHandler

- i -

• index_type : vg::GBWTHandler

- k -

• key_type : vg::GAFSorterRecord
• kmer_presence : vg::Recombinator

- m -

• matrix_t : vg::BandedGlobalAligner< IntType >
• merge_mode : GBWTConfig
• MutableGraphImplementation : vg::IndexingParameters

- n -

• nodeType : haplo::linear_haplo_structure

- o -

• OperatingMode : HaplotypesConfig
• order : ReferenceInterval
• Order : vg::StreamSorter< Message >
• output_format_t : vg::MultipathAlignmentEmitter

- p -

• path_cover_mode : GBWTConfig
• preset_t : vg::Recombinator::Parameters
• Problem : vg::AlignmentValidity

- r -

• RecurseType : vg::GraphCaller
• RescueAlgorithm : vg::MinimizerMapper

- s -

• SpliceStrand : vg::MultipathMapper
• State : vg::Funnel , vg::ZipCodeTree::reverse_iterator
• subchain_t : vg::Haplotypes::Subchain

- t -

• TraversalAlg : vg::Genotyper
• tree_item_type_t : vg::ZipCodeTree

- v -

• Verbosity : vg::Haplotypes , vg::IndexingParameters