- _ -

• _add_edit : dozeu_interface.cpp
• _append_op : dozeu_interface.cpp
• _CONVERT : json2pb.cpp
• _CONVERT_AS_STRING : json2pb.cpp
• _CONVERT_WITH_STRING : json2pb.cpp
• _flush_op : dozeu_interface.cpp
• _POSIX_C_SOURCE : crash.cpp
• _push_mapping : dozeu_interface.cpp
• _push_op : dozeu_interface.cpp
• _SET_OR_ADD : json2pb.cpp
• _XOPEN_SOURCE : crash.cpp

- b -

• BACKWARD_HAS_DW : crash.cpp

- c -

• CATCH_CONFIG_RUNNER : test_main.cpp
• crash_unless : crash.hpp

- d -

• DZ_CIGAR_OP : dozeu_interface.cpp , qual_adj_xdrop_aligner.cpp , xdrop_aligner.cpp
• DZ_FULL_LENGTH_BONUS : qual_adj_xdrop_aligner.cpp , dozeu_interface.cpp , xdrop_aligner.cpp
• DZ_QUAL_ADJ : qual_adj_xdrop_aligner.cpp

- j -

• json_boolean : json2pb.cpp

- o -

• OPT_ALT_PATHS : mpmap_main.cpp
• OPT_ALWAYS_CHECK_POPULATION : mpmap_main.cpp
• OPT_APPROX_EXP : mpmap_main.cpp
• OPT_BAND_PADDING_MULTIPLIER : mpmap_main.cpp
• OPT_BUILD_VGI_INDEX : index_main.cpp
• OPT_COMMENTS_AS_TAGS : map_main.cpp
• OPT_COMPONENT_MIN_DIST : mpmap_main.cpp
• OPT_DISTANCE_NESTING : index_main.cpp
• OPT_DISTANCE_SNARL_LIMIT : index_main.cpp
• OPT_DROP_SUBGRAPH : mpmap_main.cpp
• OPT_EXCLUDE_UNALIGNED : map_main.cpp
• OPT_FAN_OUT_DIFF : mpmap_main.cpp
• OPT_FAN_OUT_QUAL : mpmap_main.cpp
• OPT_FIRST : view_main.cpp
• OPT_FORCE_HAPLOTYPE_COUNT : mpmap_main.cpp
• OPT_FORCE_PHASED : autoindex_main.cpp
• OPT_FORCE_UNPHASED : autoindex_main.cpp
• OPT_GBWT_BUFFER_SIZE : autoindex_main.cpp
• OPT_GCSA_SIZE_LIMIT : autoindex_main.cpp
• OPT_GREEDY_MEM_RESTART_MAX_LCP : mpmap_main.cpp
• OPT_GREEDY_MIN_DIST : mpmap_main.cpp
• OPT_HARD_HIT_MAX_MULTIPLIER : mpmap_main.cpp
• OPT_KEEP_INTERMEDIATE : autoindex_main.cpp
• OPT_MAX_FANS_OUT : mpmap_main.cpp
• OPT_MAX_MOTIF_PAIRS : mpmap_main.cpp
• OPT_MAX_PATHS : mpmap_main.cpp
• OPT_MAX_RESCUE_ATTEMPTS : mpmap_main.cpp
• OPT_MAX_RESCUE_P_VALUE : mpmap_main.cpp
• OPT_MAX_TRIES : sim_main.cpp
• OPT_MIN_DIST_CLUSTER : mpmap_main.cpp
• OPT_MULTI_POSITION : sim_main.cpp
• OPT_NO_CLUSTER : mpmap_main.cpp
• OPT_NO_EMBEDDED_HAPLOTYPES : chunk_main.cpp
• OPT_NO_GREEDY_MEM_RESTARTS : mpmap_main.cpp
• OPT_NO_OUTPUT : mpmap_main.cpp
• OPT_PATH_RESCUE_GRAPH : mpmap_main.cpp
• OPT_PRUNE_EXP : mpmap_main.cpp
• OPT_RECOMBINATION_PENALTY : map_main.cpp , mpmap_main.cpp
• OPT_REF_NAME : map_main.cpp , mpmap_main.cpp
• OPT_REF_PATHS : map_main.cpp
• OPT_RENAME_VARIANTS : index_main.cpp
• OPT_REPORT_ALLELIC_MAPQ : mpmap_main.cpp
• OPT_RESEED_LENGTH : mpmap_main.cpp
• OPT_SCORE_MATRIX : align_main.cpp , map_main.cpp
• OPT_SECONDARY_MAX_DIFF : mpmap_main.cpp
• OPT_SECONDARY_RESCUE_ATTEMPTS : mpmap_main.cpp
• OPT_SHORT_MEM_FILTER_FACTOR : mpmap_main.cpp
• OPT_SNARL_MAX_CUT : mpmap_main.cpp
• OPT_SPLICE_ODDS : mpmap_main.cpp
• OPT_STRIP_COUNT : mpmap_main.cpp
• OPT_STRIP_LENGTH : mpmap_main.cpp
• OPT_STRIPPED_MATCH : mpmap_main.cpp
• OPT_SUPPRESS_MISMAPPING_DETECTION : mpmap_main.cpp
• OPT_SUPPRESS_SUPPRESSION : mpmap_main.cpp
• OPT_SUPPRESS_TAIL_ANCHORS : mpmap_main.cpp
• OPT_TOP_TRACEBACKS : mpmap_main.cpp
• OPT_VERBOSE : view_main.cpp
• OVERLOAD_PAIR_HASH : hash_map.hpp

- q -

• QUOTE : version.cpp

- s -

• SetTotalBytesLimit : message_iterator.hpp
• STR : version.cpp

- v -

• VG_BUILD_HOST : vg_environment_version.hpp
• VG_BUILD_USER : vg_environment_version.hpp
• VG_COMPILER_VERSION : vg_environment_version.hpp
• VG_GIT_VERSION : vg_git_version.hpp
• VG_HTSLIB_VERSION : version.cpp
• VG_OS : vg_environment_version.hpp
• VG_PREFLIGHT_EVERYWHERE : preflight.hpp
• VG_STANDARD_LIBRARY_VERSION : version.cpp