- h -

• handle : vg::io::BlockedGzipInputStream , vg::io::BlockedGzipOutputStream
• handle_base_option : vg::ConfigurableParser
• handle_graph : vg::MinDistanceClusterer , vg::TargetValueSearch
• handle_idxs : vg::JoinedSpliceGraph
• handle_val_range : vg::DagifiedGraph , vg::DozeuPinningOverlay
• handles : xg::XGPath
• haplo_node : vg::PhasedGenome::iterator
• haplo_score_provider : vg::BaseMapper
• haploid_prior_logprob : vg::Genotyper
• haploid_scoring : vg::Recombinator::Parameters
• haplotype : vg::AppendHaplotypeCommand , vg::ReplaceSnarlHaplotypeCommand
• haplotype_consistency_exponent : vg::BaseMapper
• haplotype_gbwt_ids : vg::TranscriptPath
• haplotype_id : vg::RecombinatorFragment
• haplotype_indexer : GBWTConfig
• haplotype_input : HaplotypesConfig
• HAPLOTYPE_MATCH : handlegraph::PathMetadata
• haplotype_number : vg::PhasedGenome::iterator
• haplotype_output : HaplotypesConfig
• haplotypes : GBWTConfig , vg::PhasedGenome , vg::Recombinator , vg::Recombinator::Statistics , vg::SnarlState
• hard_hit_cap : vg::MinimizerMapper
• hard_hit_max : vg::BaseMapper
• has_buffer : vg::VcfBuffer
• has_chain_values : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem::SnarlTreeChild
• has_content : vg::BitStringTree< Item >::TreeNode
• has_grandparent_handle : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• has_parent_handle : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• has_position : vg::algorithms::GFAFormatError
• has_reachability_edges : vg::MultipathAlignmentGraph
• has_ref : vg::Deconstructor::NestingInfo
• has_supports : vg::RepresentativeTraversalFinder
• hasher : vg::GAFSorterRecord
• head_tail_nodes : vg::Paths
• header : vg::Haplotypes
• header_listeners : vg::algorithms::GFAParser
• header_mutex : vg::HTSWriter
• heading : vg::subcommand::OptionGroup< Receiver >
• help : vg::subcommand::BaseArgSpec< Receiver >
• here : vg::Range< Number >
• HET_ADJUSTMENT : vg::Recombinator
• het_adjustment : vg::Recombinator::Parameters
• het_prior_logprob : vg::Genotyper
• heterozygous_prior_ln : vg::FixedGenotypePriorCalculator
• hint_paths : vg::CactusSnarlFinder
• hit_cap : vg::MinimizerMapper
• hit_max : vg::BaseMapper
• hits : vg::MinimizerMapper::Minimizer
• homozygous_prior_ln : vg::FixedGenotypePriorCalculator
• hts_mode : vg::HTSWriter
• HTSLIB_HEADERS : vg::Version
• HTSLIB_LIBRARY : vg::Version