- i -

• I() : haplo::haplo_DP_rectangle
• id_map() : vg::algorithms::GFAParser
• id_sort() : vg::VG
• id_to_prefix() : vg::StreamIndexBase
• id_to_rank() : handlegraph::RankedHandleGraph , vg::Viz , xg::XG
• identify_aligned_splice_candidates() : vg::MultipathMapper
• identify_pinning_points() : vg::GSSWAligner
• identify_sources_and_sinks() : vg::MEMClusterer::HitGraph
• identify_unaligned_splice_candidates() : vg::MultipathMapper
• identity_translation() : vg::VG
• IdentityOverlay() : vg::IdentityOverlay
• immutable_path_from_length() : vg::MinimizerMapper
• in_nontrivial_chain() : vg::SnarlManager
• include() : vg::VG
• inclusive_interval() : haplo::hDP_gbwt_graph_accessor< GBWTType >
• increment_coverage() : vg::Packer
• increment_edge_coverage() : vg::Packer
• increment_node_ids() : handlegraph::MutableHandleGraph , vg::Paths , vg::VG
• increment_node_quality() : vg::Packer
• increment_progress() : vg::Progressive
• incremental_extend() : haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType > , haplo::ScoreProvider
• incremental_find() : haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType > , haplo::ScoreProvider
• IncrementalSubgraph() : vg::IncrementalSubgraph
• IncrementIter() : vg::IncrementIter
• index() : vg::StreamIndex< Message >
• index_edge_by_node_sides() : vg::VG
• index_node_to_path() : xg::XG
• index_path_names() : xg::XG
• index_to_node() : vg::Packer
• IndexedVG() : vg::IndexedVG
• IndexFile() : vg::IndexFile
• IndexingPlan() : vg::IndexingPlan
• IndexRecipe() : vg::IndexRecipe
• IndexRegistry() : vg::IndexRegistry
• init() : vg::SpliceStats , vg::VG , vg::Viz
• init_coverage_bin() : vg::Packer
• init_edge_coverage_bin() : vg::Packer
• init_mapper() : vg::Filter
• init_node_quality_bin() : vg::Packer
• init_snarls() : vg::Masker
• init_state() : vg::DinucleotideMachine
• init_traceback_indexes() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
• initialize_sam_file() : vg::HTSWriter
• input_group() : vg::IndexRecipe
• ins_predecessor() : vg::WFATree
• insert() : job_type , vg::BitStringTree< Item > , vg::BitStringTree< Item >::TreeNode , vg::HandleGraphNodeSet , vg::RecombinatorHaplotype , vg::SmallBitset , vg::SnarlState
• insert_handles() : vg::GenomeState
• insert_haplotype() : vg::GenomeState
• insert_left() : vg::PhasedGenome
• insert_mapping() : vg::Paths
• insert_path() : vg::PhaseUnfolder
• insert_right() : vg::PhasedGenome
• insert_size_filter() : vg::Filter
• insert_traceback() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::AltTracebackStack
• insertion_filter() : vg::Filter
• InsufficientInputException() : vg::InsufficientInputException
• IntegratedSnarlFinder() : vg::IntegratedSnarlFinder
• interchromosomal_filter() : vg::Filter
• intersection() : haplo::int_itvl_t
• interval_size() : haplo::haplo_DP_rectangle
• interval_state_t() : vg::ZipCodeForest::interval_state_t
• into_cutting_snarl() : vg::MultipathAlignmentGraph
• into_which_snarl() : vg::SnarlManager
• introduce() : vg::Funnel
• intron_length_log_likelihood() : vg::SpliceStats
• intron_length_score() : vg::SpliceStats
• inversion_filter() : vg::Filter
• invert() : vg::Counts
• invert_translation() : vg::algorithms::GFAIDMapInfo
• is_a_duplicate_handle() : vg::DozeuPinningOverlay
• is_a_duplicate_id() : vg::DozeuPinningOverlay
• is_ancestor_next() : vg::VG
• is_ancestor_prev() : vg::VG
• is_any_painted() : vg::Funnel::PaintableSpace
• is_chain() : handlegraph::SnarlDecomposition
• is_child() : vg::NetGraph
• is_consistent() : vg::MultipathMapper
• is_correct() : vg::Funnel
• is_correctly_mapped() : vg::ReadFilter< Read >
• is_dynamic() : vg::Packer
• is_empty() : handlegraph::PathHandleGraph , haplo::haplo_DP_column , vg::MemoizingGraph
• is_equal() : vg::ZipCode
• is_extendable() : vg::IncrementalSubgraph
• is_externally_end_end_connected() : vg::ZipCode
• is_externally_start_end_connected() : vg::ZipCode
• is_externally_start_start_connected() : vg::ZipCode
• is_farther_than() : vg::ZipCode
• is_finalized() : vg::FragmentLengthDistribution
• is_finished() : vg::IndexFile
• is_head_node() : vg::VG
• is_head_or_tail_node() : vg::Paths
• is_in_range() : vg::StreamIndexBase
• is_intermediate() : vg::IndexingPlan
• is_leaf() : vg::SnarlManager , vg::WFANode
• is_left_clipped() : vg::Filter
• is_mapped() : vg::ReadFilter< Read >
• is_new() : haplo::haplo_DP_rectangle
• is_node() : handlegraph::SnarlDecomposition
• is_novel_edge() : vg::AugmentedGraph
• is_novel_node() : vg::AugmentedGraph
• is_ours() : vg::ExtraNodeGraph , vg::SourceSinkOverlay
• is_proper_pair() : vg::ReadFilter< Read >
• is_reverse() : vg::mapping_t , vg::position_t , xg::XGPath
• is_root() : handlegraph::SnarlDecomposition , vg::SnarlManager , vg::WFATree
• is_secondary() : vg::ReadFilter< Read >
• is_self_looping() : vg::VG
• is_sentinel() : handlegraph::SnarlDecomposition
• is_skippable() : vg::algorithms::Anchor
• is_snarl() : handlegraph::SnarlDecomposition
• is_snarl_smaller_than_reads() : vg::Genotyper
• is_snv() : haplo::linear_haplo_structure
• is_solitary_ref() : haplo::linear_haplo_structure
• is_split() : vg::ReadFilter< Read >
• is_static() : vg::Range< Number > , vg::subcommand::RangeArgSpec< T, Receiver > , vg::subcommand::TickChainLink
• is_std_in_out() : vg::GAFSorterFile
• is_tail_node() : vg::VG
• is_traversable() : vg::LegacyCaller , vg::MCMCCaller
• is_trivial() : vg::SnarlManager
• is_valid() : vg::Range< Number > , vg::Sampler , vg::VG
• is_valid_tag() : vg::io::Registry
• IsBGZF() : vg::io::BlockedGzipInputStream
• iterator() : handlegraph::PathForEachSocket::iterator , vg::PhasedGenome::iterator , vg::ShuffledPairs::iterator , vg::ZipCodeTree::iterator