Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- u -

• uf : vg::ContractingGraph
• uf_handle() : vg::IntegratedSnarlFinder::MergedAdjacencyGraph
• uf_rank() : vg::IntegratedSnarlFinder::MergedAdjacencyGraph
• unaligned_bands : vg::AlignmentChainModel
• unaltered_motif_data : vg::SpliceStats
• unary_boundaries : vg::NetGraph
• unbacked() : vg::GBWTHandler
• uncanonicalizable_sv_warned : vg::Constructor
• uncompressed_out : vg::io::MessageEmitter
• uncompressed_out_ostream : vg::io::MessageEmitter
• uncompressed_out_written : vg::io::MessageEmitter
• underflow() : vg::io::fdinbuf , vg::io::streaminbuf , vg::zstd_decompress_buf
• underlying_interval() : vg::IncrementalSubgraph , vg::JoinedSpliceGraph
• Undetermined : vg::MultipathMapper
• unescape_delim() : vg::Packer
• unescape_delims() : vg::Packer
• unfold() : vg::PhaseUnfolder , vg::VG
• unfold_component() : vg::PhaseUnfolder
• unfold_max_length : vg::Genotyper
• uniform_int_distribution() : vg::uniform_int_distribution< T >
• uniform_real_distribution() : vg::uniform_real_distribution< T >
• unindex_edge_by_node_sides() : vg::VG
• union_find : vg::IntegratedSnarlFinder::MergedAdjacencyGraph
• union_groups() : vg::SparseUnionFind
• unique_minimizers() : vg::HaplotypePartitioner
• uniqueness : vg::Alignment
• universe_size : vg::SmallBitset
• unlocalized_insertion() : vg::WFAAlignment
• unlock() : vg::GraphSynchronizer::Lock
• unmapped : vg::Counts
• unmapped_filter() : vg::Filter
• unoriented_distance_between() : vg::MinimizerMapper
• unoriented_motif() : vg::SpliceStats
• unpack_bit() : handlegraph::number_bool_packing
• unpack_chain_code() : vg::ZipCode
• unpack_node_code() : vg::ZipCode
• unpack_number() : handlegraph::number_bool_packing
• unpack_snarl_code() : vg::ZipCode
• unpaired_penalty : vg::BaseMapper
• unparse() : vg::OptionValueParser< Value > , vg::OptionValueParser< vector< Item > >
• unrecord() : vg::SnarlManager
• unreverse_graph() : vg::GSSWAligner
• unreverse_graph_mapping() : vg::GSSWAligner
• unset() : vg::algorithms::TracedScore
• unstranded : vg::OrientedDistanceClusterer
• untangle_allele_traversals : vg::Deconstructor
• update() : vg::WFANode
• update_diagonal_range() : vg::WFATree
• update_haplotype_index() : vg::Transcriptome
• update_in_out_edges() : vg::FlowSort
• update_inner_values() : haplo::haplo_DP_column
• update_intron_length_distribution() : vg::SpliceStats
• update_mapping_positions() : vg::PathIndex
• update_min_max_product_size() : vg::PrimerFinder
• update_motifs() : vg::SpliceStats
• update_nesting_info_tags() : vg::VCFOutputCaller
• update_path_indexes() : vg::GraphSynchronizer
• update_progress() : vg::Progressive
• update_score_vector() : haplo::haplo_DP_column
• update_scoring() : vg::SpliceStats
• update_state() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BABuilder , vg::DinucleotideMachine
• update_transcript_paths() : vg::Transcriptome
• update_variation() : vg::PrimerFinder
• update_vcf_header() : vg::PoissonSupportSnarlCaller , vg::RatioSupportSnarlCaller , vg::SnarlCaller
• update_vcf_info() : vg::MCMCCaller , vg::PoissonSupportSnarlCaller , vg::RatioSupportSnarlCaller , vg::SnarlCaller , vg::SupportBasedSnarlCaller
• upper_bound : vg::BREAKPOINT
• upper_bound_heuristic : vg::TargetValueSearch
• USABLE_BITS : vg::varint_vector_t
• use() : GraphHandler , vg::GBWTHandler
• use_approx_sub_mem_count : vg::BaseMapper
• use_avg : vg::Filter
• use_bounded_syncmers : vg::IndexingParameters
• use_cluster_mq : vg::Mapper
• use_compressed() : vg::GBWTHandler
• use_dynamic() : vg::GBWTHandler
• use_explored_cap : vg::MinimizerMapper
• use_fanout_match_alg : vg::MultipathMapper
• use_greedy_mem_restarts : vg::BaseMapper
• use_internal_connectivity : vg::NetGraph
• use_mapq : vg::Genotyper , vg::PoissonSupportSnarlCaller
• use_min_dist_clusterer : vg::MultipathMapper
• use_pessimistic_tail_alignment : vg::MultipathMapper
• use_population_mapqs : vg::MultipathMapper
• use_stripped_match_alg : vg::MultipathMapper
• use_tvs_clusterer : vg::MultipathMapper
• used_bins_of_range() : vg::StreamIndexBase