- r -

• R : haplo::haplo_DP_rectangle
• r_index : vg::HaplotypePartitioner , vg::PrimerFinder
• r_index_name : GBWTConfig , HaplotypesConfig
• r_iv : xg::XG
• random_engine : vg::MCMCGenotyper
• range : vg::MaximalExactMatch
• RANGE_END_MATCH : handlegraph::PathMetadata
• RANGE_END_SEPARATOR : handlegraph::PathMetadata
• RANGE_START_MATCH : handlegraph::PathMetadata
• RANGE_START_SEPARATOR : handlegraph::PathMetadata
• range_table : vg::MEMAccelerator
• RANGE_TERMINATOR : handlegraph::PathMetadata
• rank : vg::Mapping , vg::mapping_t , vg::PhasedGenome::iterator
• rank_in_chain : vg::FragmentedHaplotypeVisit
• rank_in_sequence : vg::FragmentedHaplotypeVisit
• raw_gaf : vg::GAFSorterFile
• reachable_with_gap : vg::WFATree::ScoreProperties
• read : hFILE_backend , vg::alignment_index_t
• read_1_adapter : vg::MultipathMapper
• read_1_adapter_lps : vg::MultipathMapper
• read_2_adapter : vg::MultipathMapper
• read_2_adapter_lps : vg::MultipathMapper
• read_best_left : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• read_best_right : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• read_cluster_heads : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• read_distance_limit : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::ClusteringProblem
• read_group : vg::Alignment , vg::MinimizerMapper , vg::MultipathAlignment , vg::MultipathAlignmentEmitter
• read_interval : vg::GaplessExtension
• read_mapped : vg::Alignment
• read_num : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::ClusterHead
• read_offset : MappingRun
• read_on_reverse_strand : vg::Alignment
• read_paired : vg::Alignment
• read_union_find : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::ClusteringProblem
• reader : vg::ParallelKFFReader , vg::WindowedVcfBuffer
• reads_by_name : vg::PathRestrictedTraversalFinder
• realign_indels : vg::Genotyper
• recipe_registry : vg::IndexRegistry
• recoding : vg::ParallelKFFReader
• recombination_penalty : vg::BaseMapper , vg::MultipathMapper
• recombinator : vg::RecombinatorHaplotype
• recombinator_parameters : HaplotypesConfig
• record_bases : vg::Packer
• record_edges : vg::Packer
• record_edits : vg::Packer
• record_offset : vg::ZipCode::snarl_code_t
• record_qualities : vg::Packer
• records : vg::GAFSorterFile
• RECORDS_PER_FILE : vg::GAFSorterParameters
• records_per_file : vg::GAFSorterParameters
• redundant_vertexes : vg::AlignmentChainModel , vg::MEMChainModel
• reestimation_frequency : vg::FragmentLengthDistribution
• ref_base : vg::BasePileup
• ref_offset : vg::DozeuInterface::graph_pos_s
• ref_offsets : vg::FlowCaller , vg::LegacyCaller , vg::MCMCCaller , vg::NestedFlowCaller
• ref_path : vg::FlowSort::Growth
• ref_path_handle : haplo::linear_haplo_structure
• ref_path_handles : vg::MultipathMapper
• ref_path_interval : vg::NestedFlowCaller::CallRecord
• ref_path_lengths : vg::MCMCCaller
• ref_path_name : vg::NestedFlowCaller::CallRecord
• ref_path_offsets : vg::MCMCCaller
• ref_path_set : vg::FlowCaller , vg::NestedFlowCaller
• ref_paths : vg::Deconstructor , vg::FlowCaller , vg::GAFOutputCaller , vg::LegacyCaller , vg::MCMCCaller , vg::NestedFlowCaller , vg::Recombinator::Statistics
• ref_ploidies : vg::FlowCaller , vg::LegacyCaller , vg::NestedFlowCaller
• ref_positions : haplo::linear_haplo_structure::SNVvector
• ref_sample : HaplotypesConfig
• ref_samples : vg::Deconstructor
• ref_steps : vg::ParentGenotypeInfo
• ref_trav_idx : vg::NestedFlowCaller::CallRecord
• ref_traversal : vg::ParentGenotypeInfo
• reference_paths : vg::PhaseUnfolder
• reference_samples : HaplotypesConfig
• reflect : vg::GraphSynchronizer::Lock
• refpos : vg::Alignment
• regions : vg::Funnel::PaintableSpace , vg::HaplotypeIndexer
• registered_suffixes : vg::IndexRegistry
• registry : vg::IndexingPlan
• regular_aligner : vg::AlignerClient
• REGULAR_SNARL_IS_REVERSED_OFFSET : vg::ZipCode
• REGULAR_SNARL_SIZE : vg::ZipCode
• remove_failing_edits : vg::Filter
• removed : vg::GAFSorterFile
• rename_variants : vg::HaplotypeIndexer
• rend : vg::ZipCodeTree::reverse_iterator
• repeat_size : vg::ReadFilter< Read >
• report_allelic_mapq : vg::MultipathMapper
• report_group_mapq : vg::MultipathMapper
• rescore : vg::ReadFilter< Read >
• rescue_algorithm : vg::MinimizerMapper
• rescue_graph_std_devs : vg::MultipathMapper
• rescue_likelihood_limit : vg::MinimizerMapper
• rescue_only_anchor_max : vg::MultipathMapper
• rescue_only_min : vg::MultipathMapper
• rescue_seed_limit : vg::MinimizerMapper
• rescue_subgraph_stdevs : vg::MinimizerMapper
• RESCUED : vg::MultipathMapper
• reserved : vg::Alignment
• reset_along_chain_parent : vg::subcommand::TickChainLink
• restrained_graph_extraction : vg::MultipathMapper
• retry_on_Ns : vg::NGSSimulator
• reverse : vg::Support
• reversing_walk_length : vg::MultipathMapper
• rgfa_listeners : vg::algorithms::GFAParser
• rho : haplo::haploMath::RRMemo
• right : vg::Support
• right_ends : vg::ConstructedChunk
• right_full : vg::GaplessExtension
• right_handle_trans : vg::JoinedSpliceGraph
• right_maximal : vg::GaplessExtension
• right_primer : vg::PrimerPair
• right_splice_offset : vg::JoinedSpliceGraph
• right_subgraph : vg::JoinedSpliceGraph
• right_telomere_node : vg::PhasedGenome::Haplotype
• RING_BUFFER_SIZE : vg::io::StreamMultiplexer
• rng : vg::Colors , vg::LazyRNG , vg::Pictographs , vg::Sampler
• robust_estimation_fraction : vg::FragmentLengthDistribution
• root : vg::BitStringTree< Item > , vg::Tree< T >
• ROOT_CHAIN_COMPONENT_COUNT_OFFSET : vg::ZipCode
• ROOT_CHAIN_SIZE : vg::ZipCode
• root_chains : vg::SnarlManager
• root_children : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::ClusteringProblem
• ROOT_IDENTIFIER_OFFSET : vg::ZipCode
• ROOT_IS_CHAIN_OFFSET : vg::ZipCode
• ROOT_NODE_LENGTH_OFFSET : vg::ZipCode
• ROOT_NODE_OR_CHAIN_CONNECTIVITY_OR_LENGTH_OFFSET : vg::ZipCode
• ROOT_NODE_SIZE : vg::ZipCode
• ROOT_SNARL_SIZE : vg::ZipCode
• root_trim : vg::TreeSubgraph
• roots : vg::SnarlManager
• row_idx : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::AltTracebackStack::Deflection
• rr_memos : vg::MultipathMapper
• running : vg::Range< Number >
• runs : vg::BenchmarkResult