Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

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• main() : main.cpp
• main_add() : add_main.cpp
• main_align() : align_main.cpp
• main_annotate() : annotate_main.cpp
• main_augment() : augment_main.cpp
• main_autoindex() : autoindex_main.cpp
• main_benchmark() : benchmark_main.cpp
• main_call() : call_main.cpp
• main_chain() : chain_main.cpp
• main_chunk() : chunk_main.cpp
• main_circularize() : circularize_main.cpp
• main_clip() : clip_main.cpp
• main_cluster() : cluster_main.cpp
• main_combine() : combine_main.cpp
• main_concat() : concat_main.cpp
• main_construct() : construct_main.cpp
• main_convert() : convert_main.cpp
• main_deconstruct() : deconstruct_main.cpp
• main_depth() : depth_main.cpp
• main_dotplot() : dotplot_main.cpp
• main_explode() : explode_main.cpp
• main_filter() : filter_main.cpp
• main_find() : find_main.cpp
• main_gamcompare() : gamcompare_main.cpp
• main_gampcompare() : gampcompare_main.cpp
• main_gamsort() : gamsort_main.cpp
• main_gbwt() : gbwt_main.cpp
• main_genotype() : genotype_main.cpp
• main_giraffe() : giraffe_main.cpp
• main_haplotypes() : haplotypes_main.cpp
• main_help() : help_main.cpp
• main_ids() : ids_main.cpp
• main_index() : index_main.cpp
• main_inject() : inject_main.cpp
• main_join() : join_main.cpp
• main_kmers() : kmers_main.cpp
• main_map() : map_main.cpp
• main_mask() : mask_main.cpp
• main_mcmc() : mcmc_main.cpp
• main_minimizer() : minimizer_main.cpp
• main_mod() : mod_main.cpp
• main_mpmap() : mpmap_main.cpp
• main_msga() : msga_main.cpp
• main_pack() : pack_main.cpp
• main_paths() : paths_main.cpp
• main_primers() : primers_main.cpp
• main_prune() : prune_main.cpp
• main_rna() : rna_main.cpp
• main_sift() : sift_main.cpp
• main_sim() : sim_main.cpp
• main_simplify() : simplify_main.cpp
• main_snarl() : snarls_main.cpp
• main_sort() : sort_main.cpp
• main_stats() : stats_main.cpp
• main_surject() : surject_main.cpp
• main_test() : test_main.cpp
• main_trace() : trace_main.cpp
• main_translate() : translate_main.cpp
• main_validate() : validate_main.cpp
• main_vectorize() : vectorize_main.cpp
• main_version() : version_main.cpp
• main_view() : view_main.cpp
• main_viz() : viz_main.cpp
• main_zipcode() : zipcode_main.cpp
• MATCH : xdrop_aligner.cpp , dozeu_interface.cpp , qual_adj_xdrop_aligner.cpp
• MAX_ITERATIONS : minimizer_main.cpp
• mem_usage_string() : autoindex_main.cpp
• MISMATCH : xdrop_aligner.cpp , qual_adj_xdrop_aligner.cpp , dozeu_interface.cpp
• mode_name() : prune_main.cpp
• mode_prune : prune_main.cpp
• mode_restore : prune_main.cpp
• mode_unfold : prune_main.cpp