Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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• I() : haplo::haplo_DP_rectangle
• id : ReferenceInterval , vg::Node , vg::RecombinatorHaplotype
• id_interval : vg::HaplotypeIndexer
• id_map() : vg::algorithms::GFAParser
• id_rank_map : vg::Viz
• id_sort() : vg::VG
• id_to_edge_indices : vg::IndexedVG::CacheEntry
• id_to_index : vg::subcommand::OptionGroup< Receiver >
• id_to_name : vg::algorithms::GFAIDMapInfo , vg::Paths
• id_to_node_index : vg::IndexedVG::CacheEntry
• id_to_prefix() : vg::StreamIndexBase
• id_to_rank() : handlegraph::RankedHandleGraph , Vectorizer , vg::Viz , xg::XG
• identifier : vg::IndexFile
• identify_aligned_splice_candidates() : vg::MultipathMapper
• identify_pinning_points() : vg::GSSWAligner
• identify_sources_and_sinks() : vg::MEMClusterer::HitGraph
• identify_unaligned_splice_candidates() : vg::MultipathMapper
• identity : vg::Alignment
• identity_translation() : vg::VG
• identity_weight : vg::Mapper
• IdentityOverlay() : vg::IdentityOverlay
• ignore_missing_contigs : vg::VariantAdder
• image_height : vg::Viz
• image_width : vg::Viz
• immutable_path_from_length() : vg::MinimizerMapper
• ImmutablePath : vg::MinimizerMapper
• imperfect_pairs_to_retry : vg::Mapper
• in : vg::GFFReader
• in_buffer : vg::zstd_compress_buf , vg::zstd_decompress_buf
• in_from : vg::ExtraNodeGraph
• in_nontrivial_chain() : vg::SnarlManager
• in_offset : vg::zstd_decompress_buf
• in_use : GraphHandler , vg::GBWTHandler
• include() : vg::VG
• include_children : vg::SparseUnionFind
• include_endpoints : vg::VCFTraversalFinder
• include_full_length_bonuses : vg::Mapper
• include_named_paths : GBWTConfig
• include_nested : vg::VCFOutputCaller
• include_reference : vg::Recombinator::Parameters
• include_reversing_traversals : vg::ExhaustiveTraversalFinder
• inclusive_interval() : haplo::hDP_gbwt_graph_accessor< GBWTType >
• incorrectly_mapped : vg::Counts
• increment_coverage() : vg::Packer
• increment_edge_coverage() : vg::Packer
• increment_node_ids() : handlegraph::MutableHandleGraph , vg::Paths , vg::VG
• increment_node_quality() : vg::Packer
• increment_progress() : vg::Progressive
• incremental_extend() : haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType > , haplo::ScoreProvider
• incremental_find() : haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType > , haplo::ScoreProvider
• IncrementalSubgraph() : vg::IncrementalSubgraph
• IncrementIter() : vg::IncrementIter
• indel_error_prop : vg::NGSSimulator
• indel_poly_rate : vg::NGSSimulator
• index : haplo::GBWTScoreProvider< GBWTType > , haplo::linear_haplo_structure , haplo::LinearScoreProvider , vg::IndexedVG , vg::StreamIndex< Message >
• index_compressed : vg::GBWTHandler
• index_dynamic : vg::GBWTHandler
• index_edge_by_node_sides() : vg::VG
• index_node_to_path() : xg::XG
• index_none : vg::GBWTHandler
• index_of : vg::DozeuInterface::OrderedGraph
• index_path_names() : xg::XG
• index_registry : vg::IndexRegistry
• index_to_node() : vg::Packer
• index_type : vg::GBWTHandler
• IndexedVG() : vg::IndexedVG
• indexes : vg::GraphSynchronizer , vg::RewindPlanException , vg::VectorView< Item >
• IndexFile() : vg::IndexFile
• IndexingPlan() : vg::IndexingPlan , vg::IndexRegistry
• IndexRecipe() : vg::IndexRecipe
• IndexRegistry : vg::IndexingPlan , vg::IndexRegistry
• init() : vg::SpliceStats , vg::VG , vg::Viz
• init_coverage_bin() : vg::Packer
• init_edge_coverage_bin() : vg::Packer
• init_mapper() : vg::Filter
• init_node_quality_bin() : vg::Packer
• init_snarls() : vg::Masker
• init_state() : vg::DinucleotideMachine
• init_traceback_indexes() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
• initialize_sam_file() : vg::HTSWriter
• inline_items : vg::MatchPos::PathList
• inner : vg::zstd_compress_buf , vg::zstd_decompress_buf , vg::zstd_ifstream , vg::zstd_ofstream
• inner_value : haplo::haplo_DP_rectangle
• input : vg::io::hFILE_cppstream
• input_filenames : GBWTConfig
• input_group() : vg::IndexRecipe
• input_in_progress : vg::Funnel
• input_vcf : vg::VCFGenotyper
• inputs : vg::IndexRecipe , vg::InsufficientInputException
• inputs_as_jobs : GBWTConfig
• ins_predecessor() : vg::WFATree
• insert() : job_type , vg::BitStringTree< Item > , vg::BitStringTree< Item >::TreeNode , vg::HandleGraphNodeSet , vg::RecombinatorHaplotype , vg::SmallBitset , vg::SnarlState
• insert_col : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
• insert_handles() : vg::GenomeState
• insert_haplotype() : vg::GenomeState
• insert_left() : vg::PhasedGenome
• insert_mapping() : vg::Paths
• insert_mean : vg::Filter
• insert_path() : vg::PhaseUnfolder
• insert_right() : vg::PhasedGenome
• insert_row : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BAMatrix
• insert_sd : vg::Filter
• insert_size_filter() : vg::Filter
• insert_traceback() : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::AltTracebackStack
• InsertCol : vg::BandedGlobalAligner< IntType >
• insertion : vg::WFAAlignment
• insertion_bias_large : vg::PoissonSupportSnarlCaller
• insertion_bias_small : vg::PoissonSupportSnarlCaller
• insertion_filter() : vg::Filter
• insertion_threshold : vg::PoissonSupportSnarlCaller
• insertions : vg::InsertHaplotypeCommand , vg::ReplaceLocalHaplotypeCommand
• INSERTIONS : vg::WFANode
• InsertRow : vg::BandedGlobalAligner< IntType >
• InsufficientInputException() : vg::InsufficientInputException
• int_is_inc : haplo::haplo_DP_rectangle
• IntegratedSnarlFinder() : vg::IntegratedSnarlFinder
• interchromosomal_filter() : vg::Filter
• interleaved : vg::ReadFilter< Read >
• internal_id_map : vg::algorithms::GFAParser
• internal_score : vg::GaplessExtension
• intersection() : haplo::int_itvl_t
• interval_end : vg::ZipCodeForest::interval_state_t
• interval_size() : haplo::haplo_DP_rectangle
• interval_start : vg::ZipCodeForest::interval_state_t
• interval_state_t() : vg::ZipCodeForest::interval_state_t
• intervals_to_process : vg::ZipCodeForest::forest_growing_state_t
• into_cutting_snarl() : vg::MultipathAlignmentGraph
• into_which_snarl() : vg::SnarlManager
• introduce() : vg::Funnel
• intron_length_log_likelihood() : vg::SpliceStats
• intron_length_score() : vg::SpliceStats
• invalid : haplo::linear_haplo_structure
• inverse : vg::Filter , vg::VectorViewInverse
• inversion_filter() : vg::Filter
• invert() : vg::Counts
• invert_translation() : vg::algorithms::GFAIDMapInfo
• invocations : vg::MinimizerMapper::aligner_stats_t
• IRREGULAR_SNARL : vg::ZipCode
• IRREGULAR_SNARL_DISTANCE_LEFT_END_OFFSET : vg::ZipCode
• IRREGULAR_SNARL_DISTANCE_LEFT_START_OFFSET : vg::ZipCode
• IRREGULAR_SNARL_DISTANCE_RIGHT_END_OFFSET : vg::ZipCode
• IRREGULAR_SNARL_DISTANCE_RIGHT_START_OFFSET : vg::ZipCode
• IRREGULAR_SNARL_RECORD_OFFSET : vg::ZipCode
• IRREGULAR_SNARL_SIZE : vg::ZipCode
• is_a_duplicate_handle() : vg::DozeuPinningOverlay
• is_a_duplicate_id() : vg::DozeuPinningOverlay
• is_alt : vg::Paths
• is_ancestor_next() : vg::VG
• is_ancestor_prev() : vg::VG
• is_any_painted() : vg::Funnel::PaintableSpace
• is_chain() : handlegraph::SnarlDecomposition , vg::ZipCode::decoder_t
• is_checked_in : vg::Watchdog::thread_state_t
• is_child() : vg::NetGraph
• is_circular : vg::Path , xg::XGPath
• is_compacted : vg::Packer
• is_consistent() : vg::MultipathMapper
• is_correct() : vg::Funnel
• is_correctly_mapped() : vg::ReadFilter< Read >
• is_dynamic() : vg::Packer
• is_empty() : handlegraph::PathHandleGraph , haplo::haplo_DP_column , vg::MemoizingGraph
• is_end : vg::CactusSide , vg::NodeSide
• is_equal() : vg::ZipCode
• is_extendable() : vg::IncrementalSubgraph
• is_externally_end_end_connected() : vg::ZipCode
• is_externally_start_end_connected() : vg::ZipCode
• is_externally_start_start_connected() : vg::ZipCode
• is_farther_than() : vg::ZipCode
• is_finalized() : vg::FragmentLengthDistribution
• is_finished() : vg::IndexFile
• is_fixed : vg::FragmentLengthDistribution
• is_haplotype : vg::TranscriptPath
• is_head_node() : vg::VG
• is_head_or_tail_node() : vg::Paths
• is_in_range() : vg::StreamIndexBase
• is_intermediate() : vg::IndexingPlan
• is_interval : gafkluge::GafStep
• is_leaf() : vg::SnarlManager , vg::WFANode
• is_left_clipped() : vg::Filter
• is_looping_chain : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• is_mapped() : vg::ReadFilter< Read >
• is_new() : haplo::haplo_DP_rectangle
• is_node() : handlegraph::SnarlDecomposition
• is_novel_edge() : vg::AugmentedGraph
• is_novel_node() : vg::AugmentedGraph
• is_ordered : vg::ZipCodeForest::interval_state_t
• is_ours() : vg::ExtraNodeGraph , vg::SourceSinkOverlay
• is_phased : vg::Genotype
• is_proper_pair() : vg::ReadFilter< Read >
• is_reference : vg::TranscriptPath
• is_rend : vg::ChainIterator
• is_repetitive : vg::MinimizerMapper::Minimizer
• is_reverse : gafkluge::GafStep , vg::Genotyper::Affinity , vg::mapping_t , vg::Position , vg::position_t , vg::Transcript , vg::ZipCodeTree::oriented_seed_t , xg::XGPath
• is_reverse_ordered : vg::ZipCodeForest::interval_state_t
• is_reversed : vg::MIPayload , vg::ZipCode::node_code_t , vg::ZipCode::snarl_code_t , vg::ZipCodeForest::child_info_t , vg::ZipCodeForest::interval_state_t , vg::ZipCodeTree::tree_item_t
• is_reversed_in_parent : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• is_root() : handlegraph::SnarlDecomposition , vg::SnarlManager , vg::WFATree
• is_secondary : vg::Alignment , vg::ReadFilter< Read >
• is_seed : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem::SnarlTreeChild
• is_self_looping() : vg::VG
• is_sentinel() : handlegraph::SnarlDecomposition
• is_skippable() : vg::algorithms::Anchor
• is_snarl() : handlegraph::SnarlDecomposition
• is_snarl_smaller_than_reads() : vg::Genotyper
• is_snv() : haplo::linear_haplo_structure
• is_solitary_ref() : haplo::linear_haplo_structure
• is_split() : vg::ReadFilter< Read >
• is_stable : gafkluge::GafStep
• is_static() : vg::Range< Number > , vg::subcommand::RangeArgSpec< T, Receiver > , vg::subcommand::TickChainLink
• is_std_in_out() : vg::GAFSorterFile
• is_tail_node() : vg::VG
• is_traversable() : vg::LegacyCaller , vg::MCMCCaller
• is_trivial() : vg::SnarlManager
• is_trivial_chain : vg::MIPayload , vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• is_valid() : vg::Range< Number > , vg::Sampler , vg::VG
• is_valid_tag() : vg::io::Registry
• is_vg : vg::LegacyCaller
• IsBGZF() : vg::io::BlockedGzipInputStream
• isForward : vg::BREAKPOINT
• it : vg::ZipCodeTree::iterator , vg::ZipCodeTree::reverse_iterator
• item_bonus : vg::MinimizerMapper
• item_count : vg::MatchPos::PathList
• item_scale : vg::MinimizerMapper
• item_vo : vg::io::MessageIterator
• items : vg::Funnel::Stage , vg::VectorView< Item >
• iteratee : vg::ShuffledPairs::iterator
• iterator() : handlegraph::PathForEachSocket::iterator , vg::PathIndex , vg::PhasedGenome::iterator , vg::ShuffledPairs::iterator , vg::ZipCodeTree::iterator
• iterator_category : std::iterator_traits< vg::PhasedGenome::iterator > , std::iterator_traits< vg::ZipCodeTree::iterator > , std::iterator_traits< vg::ZipCodeTree::reverse_iterator > , vg::count_back_inserter< T > , vg::VectorView< Item >::const_iterator