- p -

• p_value_memo : vg::MultipathMapper
• pack_names : vg::Viz
• packer : vg::PackedTraversalSupportFinder
• packs : vg::Viz
• pad_cluster_score_threshold : vg::MinimizerMapper
• pad_suspicious_anchors_to_length : vg::Surjector
• pad_zipcode_tree_score_threshold : vg::MinimizerMapper
• pair_rescue_hang_threshold : vg::Mapper
• pair_rescue_retry_threshold : vg::Mapper
• paired_distance_stdevs : vg::MinimizerMapper
• paired_read_name : vg::MultipathAlignment
• paired_rescue_score_limit : vg::MinimizerMapper
• parent : vg::Snarl , vg::SnarlManager::SnarlRecord , vg::TreeNode< T > , vg::VectorView< Item >::const_iterator , vg::WFANode
• parent_allele : vg::Deconstructor::NestingInfo
• parent_chain : vg::SnarlManager::SnarlRecord
• parent_chain_index : vg::SnarlManager::SnarlRecord
• parent_chains : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::ClusteringProblem
• parent_depth : vg::MIPayload
• parent_directory : vg::temp_file::Handler , xg::temp_file::Handler
• parent_graph : vg::JoinedSpliceGraph
• parent_handle : vg::MIPayload
• parent_is_chain : vg::MIPayload
• parent_is_root : vg::MIPayload
• parent_len : vg::Deconstructor::NestingInfo
• parent_net_handle : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• parent_path_interval : vg::Deconstructor::NestingInfo
• parent_record_offset : vg::MIPayload
• parent_ref_len : vg::Deconstructor::NestingInfo
• parent_snarls : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::ClusteringProblem
• parent_type : vg::MIPayload
• parse_only : GBWTConfig
• partitioner_parameters : HaplotypesConfig
• pass_number : vg::algorithms::GFAFormatError
• passed_filters : vg::Funnel::Item
• passed_statistics : vg::Funnel::Item
• passing : vg::Funnel::FilterPerformance
• passing_correct : vg::Funnel::FilterPerformance
• past_end : vg::GraphSynchronizer::Lock
• patch_alignments : vg::Mapper
• path : gafkluge::GafRecord , handlegraph::PathForEachSocket , vg::algorithms::walk_t , vg::Alignment , vg::CompletedTranscriptPath , vg::EditedTranscriptPath , vg::GaplessExtension , vg::Graph , vg::MatchPos , vg::PathNode , vg::RecombinatorHaplotype , vg::Subpath , vg::WFAAlignment , vg::WFANode
• path_collapse_type : vg::Transcriptome
• path_component_index : vg::MultipathMapper , vg::PathOrientedDistanceMeasurer
• path_count : xg::XG
• path_cover : GBWTConfig
• path_cover_depth : vg::IndexingParameters
• path_end : gafkluge::GafRecord
• PATH_FIELD : vg::GAFSorterRecord
• path_finder : vg::VCFTraversalFinder
• path_graph : GraphHandler , vg::MinimizerMapper , vg::PhaseUnfolder
• path_indexes : vg::LegacyCaller
• path_jaccard_window : vg::Deconstructor
• path_length : gafkluge::GafRecord
• path_listeners : vg::algorithms::GFAParser
• path_mode : GBWTConfig
• path_name : vg::FeatureSet::Feature , vg::GraphSynchronizer::Lock
• path_name_csa_delim : xg::XG
• path_names : GBWTConfig , vg::VariantAdder
• path_nodes : vg::MultipathAlignmentGraph
• path_offset : vg::GraphSynchronizer::Lock
• path_order_and_length : vg::HTSWriter
• path_output : GBWTConfig
• path_position_handle_graph : vg::MCMCCaller
• path_sampler : vg::NGSSimulator , vg::Sampler
• path_start : gafkluge::GafRecord
• path_subset : vg::PathSubgraphOverlay
• path_to_ploidy : vg::VCFGenotyper
• path_to_sample_phase : vg::Deconstructor
• path_to_vcf : vg::HaplotypeIndexer
• path_trav_finder : vg::Deconstructor
• paths : job_type , vg::PathTraversalFinder , vg::SurjectingAlignmentEmitter , vg::VG , xg::XG
• payload : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SeedCache
• payload_node_length : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SeedCache
• payload_prefix_sum : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SeedCache
• pbSize : vg::io::fdinbuf , vg::io::streaminbuf
• penalties : haplo::linear_haplo_structure
• per_base : vg::WFAExtender::ErrorModel::Event
• perfect_pair_identity_threshold : vg::FragmentLengthStatistics
• peripheral_attachments : vg::GraphSynchronizer::Lock
• periphery : vg::GraphSynchronizer::Lock
• permutation_idx : vg::ShuffledPairs::iterator
• permuted : vg::ShuffledPairs::iterator
• pessimistic_gap_memo : vg::MultipathMapper
• pessimistic_gap_multiplier : vg::MultipathMapper
• pessimistic_tail_gap_memo : vg::MultipathAlignmentGraph
• phase : vg::GFFRecord
• PHASE_BLOCK_MATCH : handlegraph::PathMetadata
• phase_homozygous : vg::HaplotypeIndexer
• phase_visits : vg::VG::Plan
• phred_prob : vg::NGSSimulator
• pi_iv : xg::XG
• pinned_tail_size : vg::VariantAdder
• plausible_rescue_cluster_coverage_diff : vg::MultipathMapper
• pn_bv : xg::XG
• pn_bv_rank : xg::XG
• pn_bv_select : xg::XG
• pn_csa : xg::XG
• pn_iv : xg::XG
• pointer : vg::SmallBitset
• points : vg::algorithms::Anchor
• points_per_possible_match : vg::MinimizerMapper
• polyploid_prior_success_logprob : vg::Genotyper
• population_max_paths : vg::MultipathMapper
• population_paths_hard_cap : vg::MultipathMapper
• population_size : haplo::haploMath::RRMemo
• pos : vg::ChainIterator , vg::KmerPosition , vg::SnarlDistanceIndexClusterer::Seed
• pos_to_edit_to_depth : vg::Filter
• pos_to_qual : vg::Filter
• pos_to_trans : vg::Translator
• position : vg::algorithms::GFAFormatError , vg::BREAKPOINT , vg::KmerMatch , vg::Mapping , vg::RecombinatorHaplotype
• position_chromosome : vg::Primer
• position_file : vg::NGSSimulator
• position_template : vg::Primer
• positions : vg::AlignmentChainModel , vg::AlignmentChainModelVertex , vg::MaximalExactMatch , vg::MEMChainModel
• possible_scores : vg::WFATree
• posterior : vg::PoissonSupportSnarlCaller::PoissonCallInfo
• precollapse_order_length_hits : vg::BaseMapper
• prefilter_redundant_hits : vg::BaseMapper
• prefix : vg::BitStringTree< Item >::TreeNode
• prefix_length : vg::MultipathProblem
• prefix_score : vg::MultipathProblem
• prefix_sum : vg::MIPayload , vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem::SnarlTreeChild
• prefix_sum_or_identifier : vg::ZipCode::node_code_t , vg::ZipCode::snarl_code_t
• prefix_sum_value : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::SnarlTreeNodeProblem
• prefixes : vg::PhaseUnfolder
• present : vg::SnarlDistanceIndexClusterer::Cluster
• present_discount : vg::Recombinator::Parameters
• PRESENT_DISCOUNT : vg::Recombinator
• preserve_sinks : vg::DozeuPinningOverlay
• prev : vg::AlignmentChainModelVertex , vg::MEMChainModelVertex , vg::PhasedGenome::HaplotypeNode
• prev_char : vg::kmer_t
• prev_chars : vg::KmerPosition
• prev_cost : vg::AlignmentChainModelVertex , vg::MEMChainModelVertex
• prev_pos : vg::kmer_t
• prev_stage_items : vg::Funnel::Item
• prev_subpath : vg::MultipathProblem
• previous_index : haplo::haplo_DP_rectangle
• previous_sizes : haplo::haplo_DP_column
• previous_sum : haplo::haplo_DP_column
• previous_tag : vg::io::MessageIterator
• previous_values : haplo::haplo_DP_column
• primary : vg::MaximalExactMatch
• primitive_root : vg::ShuffledPairs
• print_updates : vg::VariantAdder
• priority : vg::subcommand::Subcommand
• prng : vg::NGSSimulator::MarkovDistribution< From, To >
• prngs : vg::NGSSimulator
• prob_sampler : vg::NGSSimulator
• problem : vg::AlignmentValidity
• produces_one_gbwt : GBWTConfig
• progress : vg::GAFSorterParameters , vg::Progressive
• progress_bars : vg::VGset
• progress_count : vg::Progressive
• progress_message : vg::Progressive
• progress_seen : vg::Progressive
• projected_count : vg::Funnel::Stage
• proto : vg::io::VGAlignmentEmitter
• protobuf_to_tag : vg::io::Registry::Tables
• provided_directly : vg::IndexFile
• prune_subpaths_multiplier : vg::MultipathMapper
• prune_suspicious_anchors : vg::Surjector
• pruning_max_edge_count : vg::IndexingParameters
• pruning_max_node_degree : vg::IndexingParameters
• pruning_max_node_degree_decrease_factor : vg::IndexingParameters
• pruning_min_component_size : vg::IndexingParameters
• pruning_walk_length : vg::IndexingParameters
• pruning_walk_length_increase_factor : vg::IndexingParameters
• ptr : json_autoptr